1. Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở, chịu trách nhiệm trước Uỷ ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở và việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao.
2. Phó Giám đốc là người giúp Giám đốc Sở chỉ đạo một hoặc số lĩnh vực công tác, theo phân công của Giám đốc Sở; chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được phân công.
3. Việc bổ nhiệm Giám đốc và các Phó Giám đốc Sở do Uỷ ban nhân dân tỉnh quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành và theo quy định của pháp luật. Việc miễn nhiệm, từ chức, khen thưởng, kỷ luật và các chế độ, chính sách khác đối với Giám đốc và các Phó Giám đốc Sở thực hiện theo quy định của pháp luật.
Điều 4. Cơ cấu tổ chức bộ máy
1. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở:
a) Văn phòng;
b) Phòng Kế hoạch - Tài chính;
c) Phòng Thanh tra
d) Phòng Tổ chức cán bộ;
e) Phòng Khoa học Kỹ thuật;
f) Phòng Quản lý xây dựng công trình.
2. Các Chi cục quản lý nhà nước chuyên ngành:
a) Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật;
b) Chi cục Chăn nuôi và Thú y;
c) Chi cục Kiểm lâm;
d) Chi cục Thuỷ sản;
e) Chi cục Thủy sản;
f) Chi cục Thủy lợi;
g) Chi cục Phát triển nông thôn;
h) Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản.
3. Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc:
a) Đơn vị sự nghiệp do ngân sách Nhà nước bảo đảm một phần và toàn bộ kinh phí hoạt động:
- Trung tâm Khuyến nông;
- Trung tâm Giống cây trồng;
- Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn;
- Trung tâm Giống vật nuôi;
- Trung tâm Giống thuỷ sản ;
- Trung tâm Quy hoạch nông nghiệp, nông thôn
- Trường Trung học Kinh tế kỹ thuật;
- Ban Quản lý Khu sinh thái Cồn Chim – đầm Thị Nại;
- Văn phòng điều phối xây dựng nông thôn mới
b) Các đơn vị sự nghiệp tự trang trải toàn bộ kinh phí hoạt động:
- Ban Quản lý Cảng cá Bình Định;
4. Tuỳ theo yêu cầu nhiệm vụ, khối lượng công việc ở mỗi thời kỳ, Giám đốc Sở có thể xem xét kiện toàn các phòng chuyên môn, nghiệp vụ, các đơn vị trực thuộc Sở theo quy định của Nhà nước;
5. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, cách chức các chức danh Trưởng phòng, Phó trưởng phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương của các tổ chức thuộc Sở thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ hiện hành.
Điều 5. Biên chế
1. Biên chế hành chính sự nghiệp của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn do Chủ tịch UBND tỉnh giao hàng năm. Căn cứ vào khối lượng công việc, tính chất, đặc điểm cụ thể về quản lý ngành, lĩnh vực của Sở, Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với Sở Nội vụ xác định biên chế hành chính sự nghiệp của Sở và các đơn vị thuộc Sở trình Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh quyết định.
2. Trong chỉ tiêu biên chế hành chính được giao hàng năm, Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện phân bổ cho các phòng chuyên môn nghiệp vụ, các Chi cục và đơn vị sự nghiệp trực thuộc theo hướng tinh gọn, hiệu quả và đảm bảo thực hiện tốt nhiệm vụ của Sở.
3. Việc tuyển dụng, bố trí cán bộ, công chức, viên chức của Sở phải căn cứ vào chức danh, tiêu chuẩn, cơ cấu ngạch công chức, viên chức nhà nước theo quy định của Luật cán bộ công chức và các quy định hiện hành khác của Nhà nước.